Archivo de la etiqueta: transcripción

Dogma central de la biología molecular: ADN – Transcripción – Traducción – Proteína

Estamos muy contentos de presentar al nuevo colaborador de Cuentos Cuánticos, Adrián Castillo (@Yakandu), que nos llevará por los terrenos de la biología molecular. Este blog está dejando de ser un campo exclusivo de la física, dejó de serlo hace mucho tiempo, y está empezando a crecer como un sitio de encuentro para divulgadores de la ciencia en general y campos relacionados. Muchas gracias por participar en Cuentos y bienvenido.

Como nueva incorporación al equipo, primero muchas gracias a @Cuent_Cuanticos por esta oportunidad, y segundo, me presentaré brevemente; graduado en ‘Bioquimica y Biología Molecular’ y cursando un master en ‘Biología molecular y Biomedicina’, soy alumno interno pre doctoral (si las becas lo permiten) en el laboratorio de Fisiología de la Facultad de Medicina de la UPV/EHU estudiando el efecto de los ROS (Especies Reactivas del Oxígeno) sobre el metabolismo celular canceroso. Soy un aficionado de, entre otras cosas, contagiar mi pasión y ‘conocimiento’ de todo tipo de contenido científico a todo el que esté dispuesto a escucharme y espero poder hacer comprender a todo el mundo temas como ADN, ARN, rutas metabólicas, proteínas, etc.

Ni de lejos soy tan experto en mi campo como lo seréis seguramente vosotros en el vuestro ya que solo tengo la experiencia del aprendizaje universitario, así que espero que disfrutéis del primero de, espero, unos cuantos post de temática biocientifica. Son bienvenidas sugerencias, preguntas y, por supuesto, correcciones, ya que todo este contenido sale de mi cabeza. Y perdonad las más que probables faltas de ortografía.

Este y un par de futuros post pretendo que sean una introducción a las biociencias, para que se entiendan mejor ciertos conceptos que no están tan claros como nos puede parecer, como por ejemplo que es una proteína y como funciona, que es un gen, cómo se expresa, cuáles y qué funciones tienen los compartimentos celulares y más tarde nos dedicaremos a temas más complicados.

Para empezar daremos la definición genérica de ADN, la que podemos encontrar en cualquier texto de biología:

El ADN, como tal, es un polímero de 4 monómeros básicos que tras ser leído y transcrito a un polímero mensajero intermedio “ARN” sale del núcleo y es traducido a un polímero de aminoácidos, también conocido como proteína que se pliega y ejerce su labor.

Sigue leyendo

La expresión génica vista por un físico III: Interpretación de probabilidades. Resultados

Llegamos ya a la última entrada de la serie, que viene precedida por:

Dogma central de la biología. Enfoque determinista

Introducción al enfoque estocástico

Hemos visto que al aplicar el planteamiento estocástico de Gillespie al mecanismo de expresión génica se modela un conjunto de macromoléculas contenidas en una célula en relación a la probabilidad que tienen de chocar y reaccionar entre sí. Así, el hecho de que una reacción concreta tenga lugar se puede descomponer en dos sucesos de naturaleza aleatoria con sus respectivas probabilidades:

1. Tras un tiempo  sin reacciones, se produce una reacción cualquiera

\boldsymbol{P_1=v_0e^{-v_0\tau}dt}

2. La reacción que se produce es concretamente la reacción

\boldsymbol{P_2=\dfrac{v_\mu}{v_0}}

El objetivo del modelo de Gillespie es obtener la información que nos diga qué reacciones se producen y en qué instante. El resultado de aplicar el método debe ser algo parecido a lo siguiente:

Sigue leyendo

La expresión génica vista por un físico II: Introducción al tratamiento estocástico

Otra entrada sobre el tratamiento de la expresión génica por parte de Pedro Fernández (@pedrokb_vr)

En la entrada anterior vimos cómo modelar matemáticamente el mecanismo por el cual un gen se traduce a una proteína basándonos en el enfoque determinista, así como los dos principales errores que se cometen al aplicar ese modelo: el uso de variables continuas y la no consideración de la aleatoriedad propia del proceso.

La expresión génica vista por un físico I

Para solucionar el problema al que habíamos llegado se introduce el cálculo de probabilidades de sucesos aleatorios en el enfoque estocástico. Empecemos desde abajo.

Sigue leyendo

La expresión génica vista por un físico I

En esta ocasión tenemos el placer de iniciar unas entradas relacionadas con el campo de la biofísica. En concreto en ellas se nos hablará de cómo estudia un físico la expresión génica, es decir, el mecanismo por el cual un gen se traduce a una proteína.  Estas entradas están escritas por Pedro Fernández (@pedrokb_vr)

Esta es la primera de una serie de entregas en el campo de la biofísica. En ellas discutiremos  despacito y con buena letra el mecanismo por el que se expresa un gen desde el punto de  vista físico, haciendo especial hincapié en la aleatoriedad inherente del proceso. Vamos a  ello…

El ADN se copia a ARN y el ARN se traduce a proteínas. Estos son los pasos básicos de la expresión de un gen en proteínas.

Sigue leyendo